合作合同纠纷可以采取以下方法解决：双方当事人自行协商解决。调解解决。如果协商无法解决纠纷的，可以申请第三方介入进行调解解决。诉讼解决。如果调解和协商无法解决纠纷，或者不想调解或者协商解决的，可以通过向法院提起诉讼的方式解决纠纷。法律依据：《中华人民共和国合同法》第一百二十八条当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书;拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。
劳务合同与合作合同的区别有哪些?
劳务合同是指以劳动形式提供给社会的服务民事合同，是当事人各方在平等协商的情况下达成的，就某一项劳务以及劳务成果所达成的协议。一般是独立经济实体的单位之间、公民之间以及它们相互之间产生。
而合作合同是指双方或多方签署以进行投资活动而不另成立法人的文件。合作双方当事人约定的内容只能在法律规定的范围内，不能约定超过规定的范围的也就是属于禁止投资的领域或行业;注意还不能约定名为合作企业合同实际上却为借款合同;逃避税收也不能进行约定;约定违反外汇治理方面的规定的也是不可取的。
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